تداخل فعالیت های جهاد سازندگی با سایر وزارتخانه ها همزمان با گسترش آن، ملموس تر شد و در نهایت دولت تصمیم گرفت این نهاد، با شرح وظایف مشخص و تفکیک وظایفش با سایر وزارتخانه ها به صورت یک وزارتخانه به فعالیت خود ادامه دهد.